Para solucionar/evitar este problema se puede ejecutar javascript que haga scroll hasta el elemento deseado, así siempre será visible y se podrán hacer acciones sobre él.
Este sería el metodo a utilizar:
public static void scrollToElement(WebDriver driver, WebElement element) {
JavascriptExecutor javascriptExecutor = (JavascriptExecutor) driver;
javascriptExecutor.executeScript("arguments[0].scrollIntoView(true);", element);
}